의약용도발명의 용도가 약리기전으로 기재된 경우에는 명세서에기재된 구체적 질병 등의 치료용도로 청구범위가 좁게 해석되는 반면, 약효로 기재된 경우에는 청구범위가 적혀있는 용도 그대로 해석된다. 이러한 점에서 그 구분은 특허성 판단에서 매우 중요한 문제라고 할 수 있으나, 양자의 명확하지 않은 구분 기준으로 말미암아실무상의 어려움이 있었다. 따라서 용도가 약효 혹은 약리기전으로기재된 의약용도발명의 청구범위 해석 방법을 정립할 필요성이 있다. 이 논문에서는 약리기전과 약효의 개념상 구분이 어려운 점, 약리기전 발견에 대한 특허적 보호 필요성, 발명자 보호의 필요성과 해외 주요국의 실무에 비추어 청구범위 명확성 판단 단계에서는 청구범위에 기재된 용도가 약리기전인지 약효인지 여부를 문제삼지 않고넓게 의약용도로 인정하되, 신규성 판단 단계에서 고유성 원칙을 적용하는 새로운 판단 방법을 제안하였다. 그리고 고유성 원칙을 적용함에 있어서는 의약용도의 본질이 방법발명에 있다는 점에 기초하여 발명의 효과가 같은 속성에 기반을 둔 것인지, 치료대상이 되는 주된 환자군이 유사한지, 제품화될 경우 다른 의약품으로 인식될 것인지 여부에 대한 고려가 필요할 것이다.
